文官系统确定下来之后,接着就是军队糸统。而首先改变的,是军队的名称。
由于以前商毅只是一方的割据势力,为了增加军队的归属感,保障自已对军队的绝对控制力,因此才叫做商家军。但现在商毅己经正式称王,并且己经形成一个独立的政权机构,说是国家,也不为过,如果还叫商家军,仍然脫离不了军阀的味道。
商毅决定将军队正式分为陆军部和海军部两个编制,统一称为中华军,而陆军也称为中华虎贲军,海军则称为中华伏波军。
这二个名称也得到众人的一致赞同,因为中华是中国、华夏的合称,自古可以代表中国以及汉族。因此取“中华”两字,就意味南京政府的目标是夺取天下,并非偏安一隅。也能体现商毅己经实质是一个一方君主的事实。
虎贲在中国古代,是是守卫王宫、护卫君主的专职军人,也可以指军中的勇士、猛将。而伏波的本意就有降伏波涛的意思,伏波将军则是古代对将军个人勇武能力的一种封号,用这两个词分别称呼陆军和海军,不仅十分贴功,而且也可以充份说明出中华军强悍无敌的一面。
军队的名称确实之后,商毅也正式下令,将中华虎贲军按照湖北军区的模式,在全军內部设立军区,做为中华虎贲军的最高军队组织,在目前的势力范围中,成立山东、中原、江西、湖广、南京五大军区。各军区的最官员为军区司令员,司令部中可设副司令员一到两名,参谋长一到两名,副官六到八名,警卫队一到两个连。
各军区下设军编制,每个军的额定编制将分两个师、两个师、一个旅或一个师、两个旅三种,各军过去的番号依然保留在各军区中,其余将加设新的番号。另外每个军区都要编制一个骑兵师、旅和特种师、旅。
各军区的设制是：
山东军区司令部设在青州,由原来的第四、五军组成,司令员周少恒,副司令员童大勇、、蒋义渠；参谋长唐镇、鲍铜钢。下设四个军：总兵力十万七千人。
第四军：军长滕胤玉,辖第二师、第十一师、第二旅。
第五军：军长乔克裕,辖第八师,第十师、第七旅。
第九军：军长冯进,辖第十四师,特种兵旅、第四旅。
第十军：军长章一平,辖骑兵师、第十二旅、第二十七旅。
山东是商毅最初起家的地方,在占领浙江之后,一直都没有放弃,到现在己经逐步发展成总兵力超过十万的大部队,由其是山东军区的主将周少桓,不仅能够领军,而且在內政方面也做得同样出色,山东军区己经形成一个初步能够自己自足的地区,而且尽管过去山东军区一直相对独立存在于商家军的系统内,但军区几名首领对商毅仍然保持着相当高的忠诚度,对商毅一直敬服不己,在山东地区也处处模枋商毅的行事作风,因此也赢得了一个“小督师”的外号。
虽然在清军南征时,山东军区并没有打什么大仗,尽管一直主要担任的牵制、吸引清军力的作用,但对商毅的命令执行却十分坚决,从来沒有报怨挑剔过。这也和周少桓的耐心劝说、解释分不开。而且在商家军跨海突袭辽东的时候,山东军区是担突袭舰队的桥头堡和大后方的双重作用,并且也派遣兵力参与了这次突袭任务,也可以说,如果沒有山东军区的协助和配合,这次突袭作战也无法取得成功的。
随着现在南京政府的势力己经扩大到了中原地区,而且和山东战区也重新打通了陆地的联络,在未来对清军的作战中,山东军区仍然是一支不可缺少的力量。
淮南军区,司令部设在凤阳,由原来的第一军组成,司令员成进,副司令员赵英杰；参谋长尤洪亮。下设四个军：总兵力九万八千人。
第一军：军长苏建林,辖第一师、第五师、第二十九旅。
第十一军：军长程培经,辖第七师,第二十师。
第十五军：军长程培经,辖第二十四师,特种兵旅、第一旅。
第十八军：军长黄绳武,辖骑兵师、第五旅、第十九旅。
在两次清军南侵的战役中,淮南军区都是担任着主力部队,打了不少的大仗硬仗,也立下了不少功劳,司令员成进,己经成长为一各出色的指挥者,可以算是商毅手下的头号猛将,在下一步对清廷的作战中,淮南军区仍然是中华军的绝对主力。
江西军区,司令部设在赣州,由原来的第二军组成,司令员罗远斌,副司令员王信；参谋长刘伯涛。下设三个军：总兵力七万二千人。
第二军：军长吴礼林,辖第三师、第三旅、第八旅；
第十二军：军长刘远报,辖第四师、骑兵师；
第十六军：军长郑广明,辖第六师第九旅、特种兵旅江西军区的实际范围并不仅仅只是江西一省,南京政府的南部地区,使南京政府在与清军作战时,沒有后顾之忧。而如果平定了北方之后,江西军区也将成为进攻南方的先头部队。
湖广军区,是由湖北军区加上驻守湖南的第三军合并而成,司令员李定国,副司令员杨武丞；参谋长李牟。下设四个军：总兵力十一万二千人。
第六军：军长李汉军、辖第九师、第十八师、第十六旅；
第八军：军长黄庆文,辖第十师、第十五师、二十二旅；
第十三军：军长黄向东,辖骑兵师、十九师,二十八旅；
第十七军：军长李元胤,辖特种师、第六旅、第十七旅,在新的军区编制中,湖广军区的兵力最多,这是因为湖广军区同时于清廷、吴三桂、永历朝三方接壤